Большинство микологов считают, что грибы представляют два самостоятельных эволюционных ствола, различающихся как по морфологии, так и по биохимическим особенностям. Этим эволюционным стволам соответствуют два отдела современной системы грибов: отдел Оомикота (Oomycota), характеризующийся подвижными стадиями с двумя жгутиками или одним перистым жгутиком и присутствием в стенках клеток целлюлозы, как у растений, и отдел Настоящие грибы, или Эумикота (Eumycota), — с подвижными стадиями, имеющими один гладкий бичевидный жгутик или чаще не имеющие вообще подвижных стадий; целлюлоза в их клеточных стенках отсутствует, и
они содержат хитин. Отделы грибов paзличаются также по характеру обмена и по некоторым признакам ультраструктуры клеток.

Классы выделяются на основании характера органов размножения грибов, а также некоторых признаков строения их вегетативного тела. Отдел Оомикота относительно немногочислен и включает только два класса Оомицеты (Oomycetes) и Гифохитриомицеты (Hyphochytriomicetes), различающиеся количеством жгутиков и составом клеточных стенок: у второго из них в клеточных стенках наряду с целлюлозой обнаружен и хитин. Большинство грибов (более 95%) относится к отделу Эумикота, в котором выделяют пять классов:

1.Хитридиомицеты (Chytridiomycetes) с одноклеточным вегетативным телом или слаборазвитым мицелием и с подвижными стадиями, имеющими один бичевидный жгутик.

2. Зигомицеты (Zygomycetes) с хорошо развитым неклеточным мицелием и бесполым размножением спорангиоспо-рами; мейоспоры образуются в зародышевом спорангии.

3. Аскомицеты, или сумчатые грибы (Ascomycetes), с хорошо развитым клеточным мицелием. Их мейоспоры образуются внутри специальных клеток — сумок, или асков, а митоспоры представлены конидиями.

4. Базидиомицеты, или базидиальные грибы (Basidiomycetes), также с хорошо развитым клеточным мицелием и бесполым размножением конидиями,

однако мейоспоры образуются у них открыто на специальных клетках — бази-диях.

5.Дейтеромицеты, или несовершенные грибы ( Deuteromycetes), занимают среди грибов особое положение — размножаются только бесполым путем, конидиями. Эти грибы представляют собой «бывшие» аскомицеты или, реже, базидиомицеты, в процессе эволюции утратившие по тем или иным причинам половые спороношения. Поэтому класс Дейтеромицеты не соответствует классу в его обычном понимании — т. е. группе филогенетически близких порядков, связанных единством происхождения, а представляет разнородную в филогенетическом отношении группу — производное двух других классов.

Разобрав основные систематические группы грибов и правила номенклатуры, попытаемся найти место в системе для некоторых известных всем нам грибов— красного мухомора и сморчка обыкновенного, а также для одного из пенициллов—Penicillium chrysogenum, образующего антибиотик пенициллин.

Красный мухомор (Amanita muscaria), принадлежит к роду мухомор (Amanita), семейству мухоморовые (Amanitaceae), порядку агариковые (Agaricales ), классу базидиомицеты (Basidiomycetes ) и отделу эумикота (Eumycota). Сморчок обыкновенный (Morchellaesculenta) относится к роду сморчок (Morchella), семейству  сморчковые (Morchellaceae), порядку пецицовые (Pezizales), классу аскомицеты (Ascomycetes) и отделу эумикота (Eumycota). Пеницилл золотистопигментный (Реnicillium chrysogenum) принадлежат к роду пеницилл (Penicillium), семейству монилиевые (Moniliaceae), порядку гифальные, или гифомицеты (Hyphomyceta ), классу дейтеромицеты (Deuteromycetes) и отделу эумикота (Eumycota).

Следует отметить, что так называемые макромицеты — грибы с крупными плодовыми телами, видимыми невооруженным глазом — это представители двух классов грибов — аскомицетов и базидиомицетов.